Em 7 de novembro de 1872, sob o comando do capitão Benjamin Briggs, o barco foi carregado com barris de álcool despachados pela Meissner Ackermann & Coin. e zarpou de Staten Island, Nova Iorque, com destino à Gênova, Itália. Além do capitão e sete marinheiros, ele também transportava Sarah E. Briggs (esposa de Benjamin), e sua filha de dois anos, Sophia Matilda.
Um outro bergantim de nacionalidade britânica Dei Gratia estava a 400 milha a leste dos Açores quando avistou um navio à deriva. Seu capitão, David Reed Morehouse, descobriu que se tratava do Mary Celeste, o qual partira oito dias depois dele e já deveria estar em Gênova.Morehouse abordou o Mary Celeste para oferecer ajuda. A embarcação encontrava-se em boas condições. Uma de suas duas bombas d’água fora desmontada e os pertences dos tripulantes ainda se encontravam nos alojamentos e a carga de 1,701 barris estava aparentemente intacta, até se descobrir que nove barris estavam vazios. Não havia sinais de bombardeio, saqueamento por algum navio pirata, nada. Mary Celeste estava completamente deserto.
Alguns acreditam que a tripulação foi abduzida por alienígenas, outros simplesmente dizem que eles deixaram o barco. Mas por qual motivo abandonariam um barco no meio do nada, com toda aquela carga? Até hoje buscam por uma explicação lógica para esse acontecimento.
